Bardzo ważne jest, aby podczas realizacji projektu zbierać wszelkie związane z nim dokumenty. Trzeba je przedstawić wraz z wnioskiem o płatność, aby otrzymać wypłatę przyznanego dofinansowania. Niezbędne są wszelkie dokumenty potwierdzające nabycie środków trwałych, czy skorzystanie z usług przewidzianych w projekcie. Wymagane są przede wszystkim dokumenty księgowe i potwierdzenia zapłaty, ale również protokoły przekazania towarów, odbioru zleconych prac czy wykonania usług. Jeżeli do projektu byli zatrudniani pracownicy – niezależnie od tego czy ich wynagrodzenie podlegało dofinansowaniu – należy dysponować pełną dokumentacją potwierdzającą przeprowadzenie obiektywnego procesu rekrutacji, zawarcie umów oraz wywiązywanie się z zobowiązań wobec zatrudnionych, ZUS i Skarbu Państwa. Wynagrodzenia wypłacane z dofinansowania należy również udokumentować poprzez przedstawienie odpowiednich dokumentów.
Wszystkie dokumenty dotyczące realizowanego projektu powinny być księgowane w sposób umożliwiający ich szybką, łatwą i jednoznaczną identyfikację. Tak zwana wyodrębniona ewidencja księgowa może oznaczać wprowadzenie jednolitego oznakowania dofinansowanych pozycji bądź ujmowanie ich na specjalnie w tym celu utworzonych kontach.
Wszystkie płatności w projekcie muszą się odbywać za pośrednictwem osobnego konta bankowego wskazanego w umowie dotacji.
Dokumentacja finansowa w projekcie może podlegać kontrolom. Zazwyczaj odbywa się to już podczas weryfikacji wniosków o płatność ( zasady rozliczania wymagają dołączenia kopii dokumentów), a czasem dopiero podczas kontroli na miejscu realizacji projektu czy siedzibie beneficjenta. Dokumenty związane z projektem trzeba każdorazowo udostępnić osobom kontrolującym – zarówno z instytucji związanych z Funduszami Europejskimi, jak i np. z kontroli skarbowej.
Pełna dokumentacja powinna być przechowywana w Twojej siedzibie (poza wyjątkowymi sytuacjami, kiedy trzeba ją zdeponować w archiwum), zarówno przez cały czas realizacji projektu, jak i w wymaganym okresie archiwizacji wskazanym w umowie o dofinansowanie.